十七世紀中葉，沙俄哥薩克開始武裝入侵我國黑龍江流域，清政府意識到沙俄侵略的嚴重性后，多次派出軍隊與黑龍江沿岸各族人民一起，驅逐外敵、保衛疆土。清康熙十年（1671年），康熙皇帝諭令寧古塔將軍巴海：“羅剎雖云投誠，尤當加意防御，操練士馬，整備器械，毋墮狡計”，為防范沙俄不斷侵犯黑龍江，鞏固北部邊防，康熙十三年（1674年）移吉林水師分駐璦琿、齊齊哈爾等處。

       康熙二十一年（1682年）九月，因沙俄盤踞雅克薩而不退，擾亂邊疆，康熙命朗談、彭春等率兵以捕鹿為名前往偵察。十二月，郎談等察畢而返，奏“攻取羅剎甚易，發兵三千足矣”，康熙帝卻對黑龍江邊防有更加深遠的考慮，“第兵非善事，宜暫停攻取”，諭令：“調烏拉、寧古塔兵一千五百，并置造船艦，發紅衣炮、鳥槍及演習之人，于黑龍江（璦琿）、呼馬爾二處，建立木城，與之對壘，相機舉行。”康熙二十二年（1683年）九月，康熙皇帝決策：“兵丁頻事更番，必致困苦，非久長之策，在黑龍江建城永戍，預備炮具船艦，令設斥堠于呼馬爾……由水路陸續運糧，積貯黑龍江……如羅剎船由黑龍江下，我舟師尾擊甚易。”十月，授薩布素為鎮守黑龍江等處地方將軍，以從征將士兵丁留江駐防，編為黑龍江八旗軍，“從征水手未準編入，仍當駕船之差，但準攜帶家口，隸入水師營中管轄，設水師總管一員，駐省城，嗣以造船之故，設四、五品官等駐船廠（今吉林市），專司修造船艦”。《龍江述略》載有：“按黑龍江水師之興，在康熙二十二年（1683年）征羅剎時，原以運糧為重，其后定為制兵。”民國九年《璦琿縣志》記載：“水師營始于康熙二十二年。”隨著康熙皇帝“永戍黑龍江”戰略方針的落實，黑龍江水師成為黑龍江將軍轄區防務的重要組成部分，而黑龍江城（璦琿）水師營，即璦琿水師營，作為黑龍江最先成立的水師營，因其特殊的地理位置和軍事斗爭需要，肩負著駐守抗俄前線指揮所偵察、運輸、防御、震懾等重責，“（黑龍江）綜計船只一百有余，黑龍江城（璦琿）居其大半，防江之意秩然可見”。

       璦琿水師營，初設四品官一員，五品官二員，六品官二員，領催八名，水手四百一十九名。水師諸官僅有品階而無官號，“例以漢軍為之，其所屬同”。諸兵以流人及其后代為主，《龍江述略》記述：“國初所取水手皆烏拉、寧古塔流人，閩、廣、兩湖原籍居多。”《柳邊紀略》記載：“船廠、寧古塔流徙者，多愛渾（璦琿）將軍調度，本地將軍以下不得主。愛渾（璦琿）將軍舊官寧古塔，熟知流人姓名，按籍而稽無得免者。故，流人、奴仆年壯者皆為愛渾（璦琿）水手、艌匠正身。年老文弱者皆為幫兒。幫兒，幫正身者也，每年出銀六兩給正身家。庚午年（1690年），將軍以下，幫兒以上，皆移家愛渾（璦琿），朝廷給移家銀，官四十兩，披甲、水手半之，幫兒不與，余去寧古塔時尚未盡行也。”《黑龍江外記》中詳細地記錄了璦琿水師營各職官、兵丁歲俸餉銀：“四品官一百五兩，五品官八十兩，六品官六十兩；領催十八兩，水手十二兩。”

       璦琿水師營大戰船十只，二號戰船四十只，江船十只，在城南70里拖里爾峰河套停泊。各種船只名目在不同史料中記述有所差異，如《黑龍江志稿》記有：“康熙二十一年，羅剎據雅克薩城……其時，有大船、花船、槳船名目”，西清在《黑龍江外記》中分析：“然今二號戰船謂之‘花船’，江船謂之‘小戰船’，見于官文書，而《盛京通志》所載劃子船今無其物，且不聞有舉其名者，疑‘花船’即‘劃子船’轉音，攻戰之具必不以‘花’名也。”

       關于船只的維修，《龍江述略》記載：“黑龍江城（璦琿）額設船六十二只，并有三十年拆修、五年補修之制，其拆修、補修均在吉林船廠，額設水手即供伐木匠作之用，一應物料，均先期奏明數目，派員分赴京都、奉天兩工部支領。”《黑龍江志稿》記載：“（康熙）四十四年（1705年），將軍寶鼎奏，齊齊哈爾、墨爾根、黑龍江（璦琿）三城大小戰船，原系三年大修，五年拆修，改為五年大修，十年拆修。”《璦琿縣志》記載：“水師營向管大船十六只，花船十二只，槳船二十只，分年建造、補修，差員由北京工部領取物料，在吉林頭道碼頭修造。”《黑龍江外記》記載更為細致：“戰船例以五年大修，十年拆造，其備用物料三城（璦琿、齊齊哈爾、墨爾根）庫貯共鐵六千三百斤、桐油五千八百斤、線麻四千六百斤、白布一千三百匹、棉線四十五斤、風竹一千九百根、抱桅八百塊、棕繩七百六十條、麻繩七千條、苘麻繩一百條，遇修造，動用如干，報工部請領歸款。所謂‘風竹’竹竿也，‘抱桅’竹片也，皆官文書中語。”

       《龍江述略》中對璦琿水師營每年開江后、封江前兩次軍事演練以及正月時進行冬圍有著較為生動的描述：“舊例，歲值四月，江冰大開，將軍躬往閱操，揚旗鳴鉦，于中流上下燃紅衣大炮以示威武，聲殷山谷；八月，江冰將結，亦復如之。而當正月，雪后黃羊大集時，則調各城水手聚而大獵，如陸師冬圍故事。”民國九年《璦琿縣志》記載也較為詳細：“水師營官兵、水手防邊操練，每年定為春、秋兩季，二八月間各演操四十日。各兵先以馬箭一支、步箭五支，在城較射嗣、在南教場演練槍隊。而水師以花船八只分八旗，仍以各佐之兵荷槍上船，排隊操習。期限將滿，即請都護閱操，分別賞罰事畢，則散歸農，每年如例。”

       然而，清朝中后期政府由盛至衰、逐漸腐朽沒落，璦琿水師營亦隨之衰敗，“以光緒十三年（1887年）計之，黑龍江城（璦琿）額船僅存三十二只，寄泊江濱，日漸朽蠹，亦無過而問者，若非糧運關乎軍食，幾無一船之可用矣”“中、俄分江而后，彼之輪泊沿江上下，震駭耳目，我則因循廢弛，國帑虛糜”“自中俄畫江為界，彼以巨輪上下，我以破艇孤浮，適足貽羞，遑云御侮，庚子變后，無復一船”，曾因御敵而設立的璦琿水師營終因無力對敵被裁撤，光緒三十一年（1905年）十一月，署理黑龍江將軍程德全奏準裁撤水師營。

       璦琿水師營從清朝鼎盛時期的康熙年間設置，至風雨飄搖的清末被裁撤，歷時200余年中，在鎮守東北邊疆、抵御外敵入侵、保障物資運輸等方面都作出了不可磨滅的重要貢獻。